Озон сам по себе имеет характерный специфический запах, однако при этом он не заглушает других запахов. Атомарный кислород, образованный распадом озона моментально окисляет различные пахнущие материалы. При очень незначительной концентрации озона (примерно 0,01-0.04 ррт), воздух в помещении или хранилище чувствуется приятным и свежим, а неприятные запахи ощущаются гораздо слабее.

Даже если хранимые продукты находятся в изолированных помещениях, благодаря недостаточной воздушной локализации и несовершенной изоляции запахи могут передаваться из одной комнаты в другую или от одних продуктов к другим. Поэтому окисление создаваемых смешанных запахов в таких помещениях имеет большой положительный эффект, позволяя делать атмосферу помещений свежей и приятной.

Установлено, что запах ароматных фруктов (например, клубники), усиливается в присутствии озона. Поэтому вполне возможно, что образование ароматов и запахов фруктов с их характерным вкусом идет более активно под воздействием озона. Озонирование воздуха в овощехранилищах устраняет запахи упаковочных материалов, которыми часто пропитываются хранимые товары (например, в случае хранения продуктов в деревянной упаковке в холодильниках при относительной влажности 85-90%).

В большинстве случаев хранилища, товарные склады и рефрижераторы могут быть дезинфицированы с помощью озона. Процесс озонирования кроме общей дезинфекции позволяет устранить (или, по крайней мере, частично скрыть) неприятные запахи, исходящие от упаковочного материала, в результате, продуктам возвращается их естественный привычный аромат.